Tiedonhallinta – lääketieteellisen tutkimuksen taitolaji

Tampereen yliopistojen yhteinen tutkimusinstituutti BioMediTech keskittyy biotieteiden ja teknologian monialaiseen tutkimukseen ja innovaatioiden kaupallistamiseen. Instituutissa toimivan laskennallisen biofysiikan ja kuvantamisen ryhmä (CBIG) on kehittänyt yhdessä sydäntutkimusryhmän kanssa kantasolupohjaisten sydänsolujen videoanalyysimenetelmän. Menetelmällä voidaan tutkia solujen sykettä ja niissä esiintyviä poikkeavuuksia.

Uudenlaista tutkimusmenetelmää kehitettäessä ilmeni, että tutkimusaineiston hallintaan ja informaation tallentamiseen liittyi haasteita.

– Kun tutkimusaineistoomme kertyi yhä enemmän dataa ja siihen liittyvää tutkimuksen kannalta tärkeää metatietoa, heräsimme tarpeeseen kehittää analyysimenetelmän rinnalle tietoja keräävän tietokannan, kertoo CBIG-ryhmän tutkija Antti Ahola.

”Protacon auttoi tutkimusaineiston hallinnassa”

Sydänsolujen videoanalyysimenetelmän tueksi tarvittavan tietokannan tekijäksi valikoitui Protacon, jolla oli kokemusta lääketieteen ohjelmistojen kehittämisestä. Protaconin ja tutkimusryhmän yhteistyönä syntynyt CellVisus-ohjelma palvelee videoanalyysissa tuotetun datan järjestelmällisessä tallentamisessa ja hyödyntämisessä tutkimuksen kaikissa vaiheissa.

Ohjelman käyttöliittymä muotoiltiin mahdollisimman näppäräksi, jotta käyttö vaativissa laboratorio-olosuhteissa ei muodostuisi ongelmaksi.

– Yksityiskohtaisen informaation kerääminen, tallentaminen ja hallinnointi ovat keskeisessä roolissa analyysin onnistumisen kannalta. Jos tutkimusaineistoa ei voida luotettavasti hallinnoida, silloin tieteellisen tutkimuksen tekeminen on hankalaa ja tulosten ymmärtäminen vaikeaa, avaa tutkija Antti Ahola käyttöliittymän ja tietokannan merkitystä työssään.

Tärkeä perusta kehitystyölle

Videoanalyysimenetelmään liittyvän tietokannan kehitystyö sujui aikataulussaan sujuvan yhteydenpidon ansiosta tutkimusryhmän ja Protaconin välillä. Aholan mukaan tutkimusryhmän jäsenet ovat olleet tyytyväisiä Protaconin panokseen.

– Innovaatiota tukeva tietokanta käyttöliittymineen on yksi tärkeä peruspilari, jonka varaan sydänsolujen videoanalyysimenetelmää voidaan rakentaa eteenpäin. Kehitystyön edetessä myös ohjelmiston toiminnallisuutta voidaan laajentaa, visioi Ahola.

Videoanalyysimenetelmää voidaan tulevaisuudessa hyödyntää esimerkiksi lääkkeiden kehitystyössä tunnistamassa lääkeaineita, jotka aiheuttavat sydänsoluissa häiriöitä. Saadun tiedon avulla resursseja voidaan kohdistaa sellaisten aineiden tutkimiseen, jotka ovat sydänsoluille vaarattomia. Suurten tietomäärien hallinnalla on lääketieteellisessä tutkimus- ja kehitystyössä keskeinen rooli.

Innovaatiota tukeva tietokanta käyttöliittymineen on yksi tärkeä peruspilari, jonka varaan sydänsolujen videoanalyysimenetelmää voidaan rakentaa eteenpäin. Kehitystyön edetessä myös ohjelmiston toiminnallisuutta voidaan laajentaa.

Antti Ahola, Tutkija,
BioMediTech

Lue lisää

Hyvinvointi- ja terveysteknologia
Evondos

Lisätietoja

Juha Eloranta
juha.eloranta@protacon.com
+358 50 5413 342